近日接到我们客户单位被当地税务机关预警了，是由于个人所得税部分人员工资低于5000元的没有进行申报，导致企业所得税申报工资与个人所得税申报数据存在较大差异。

一、核心政策原文摘录

《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3 号）：

《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：

（一）企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；

（二）企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；

（三）企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；

（四）企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务；

（五）有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。

配套法规

1.《个人所得税法》及61号公告规定：扣缴义务人应当实行全员全额扣缴申报，不管员工工资是否超过5000 元起征点，只要向个人支付工资薪金，均应当做全员全额申报（零收入也要零申报）。

2.《企业所得税法》第八条：企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。

实务口径说明：

1. 国税函〔2009〕3 号是“可按以下原则掌握”，属于税务判断合理性的参考条件；但国内绝大多数地区执行口径：未履行全员全额扣缴申报，对应部分工资薪金不予企业所得税税前扣除，需要做纳税调增。
2. 即使员工工资不足5000 元、不需要缴纳个税，依然必须做全员全额零申报，不可以不申报。
3. 区分：计提未实际发放的工资，不产生个税扣缴义务；已经实际发放工资，未做个税全员全额申报，属于税务风险事项。

二、金税四期预警触发规则

1、比对逻辑

系统自动取三类数据交叉比对：

①财务账面工资薪金发生额；

②企业所得税汇算申报表 A105050《职工薪酬支出及纳税调整明细表》工资薪金支出；

③自然人电子税务局扣缴端个税全员全额申报工资薪金总额。

2、预警触发情形

1. 账面工资人数＞个税申报人数（漏报部分人员，临时工、季节工、实习生、短期用工未申报）；
2. 账面工资薪金总额＞个税申报工资薪金总额；
3. 部分人员实际已经发放工资，扣缴系统完全无申报记录；
4. 存在现金发放工资、私户发放工资，未做个税申报。

??重点提醒：不是只看交了多少个税，重点看有没有做全员全额申报（含零申报）。

三、常见产生该风险的业务情形

1. 临时工、季节工、建筑项目短期用工，企业认为工资低不用申报，只做工资表发放，不做个税扣缴申报；
2. 部分员工工资对公发放，另外一部分工资老板私户转账发放，未并入个税申报；
3. 已经离职人员，实际离职当月发放工资，未做申报；
4. 会计只对需要交个税的员工进行申报，工资5000 以下员工全部不做全员全额零申报；
5. 账上计提工资，已经实际现金发放，但扣缴端完全不申报；
6. 混淆工资薪金与劳务报酬：属于任职受雇用工，错误按劳务处理，未做工资薪金全员全额申报。

四、全维度涉税风险汇总表

实务争议提示：

少数地区观点：工资真实、实际发放，只是申报程序瑕疵，不直接否定扣除；但绝大多数地区执行口径：未全员全额申报不得税前扣除，企业不能赌地域口径，务必补申报整改。

五、实务稽查 / 评估典型案例

案例 1：大量临时工未做全员全额零申报

某建筑劳务公司，账面列支工资薪金 820 万元，工资表一共 62 人；个税扣缴端仅申报 21 人，大量短期农民工工资虽然每月不足 5000 元，没有做全员全额零申报。金税四期数据比对触发预警。

核查情况：工资真实已经发放，有工资表、银行发放流水，只是财务误认为不到起征点就不用申报。

处理结果：

1. 对往期进行个税全员全额补零申报；
2. 在补申报完成基础上，经沟通认可工资薪金税前扣除；
3. 对扣缴义务人未按规定进行全员全额申报行为给予简易处罚。

案例 2：私户发放工资完全不申报，工资薪金被纳税调增

某商贸企业，账面列支工资薪金560 万元，其中 220 万元通过老板个人银行卡发放给员工，完全没有做个税全员全额申报。汇算全部在企业所得税税前扣除。

税务风险核查：发现账面工资与个税申报差额巨大。

处理：

1.220 万元对应工资薪金做纳税调增，补缴企业所得税 55 万元及滞纳金；

2. 责令补做个税全员全额申报；
3. 对扣缴义务人应扣未扣个税处以罚款。

案例 3：虚列人员工资

某企业虚造工资表，虚构 12名不存在员工，账面列支工资 180 万元，无任何个税申报，也无实际资金发放。

处理：认定虚列成本构成偷税，补缴企业所得税、滞纳金，并给予 0.5 倍罚款。

六、企业自查要点

1. 核对：工资表人员名单、人数，与个税扣缴端申报人员清单一一比对；
2. 核对：账面实际发放工资薪金总额，与个税扣缴端工资薪金申报总额；
3. 核查：工资发放方式：对公银行发放、现金发放、私户发放，私户发放工资是否并入做个税全员全额申报；
4. 重点核查：临时工、季节工、实习生、短期用工，即使月薪低于5000 元，是否做全员全额零申报；
5. 区分：计提尚未实际发放的工资，不需要个税申报；已经实际支付的工资必须全员全额申报；
6. 已经出现差异预警的企业，优先做往期补申报，留存工资表、银行流水、考勤记录、薪酬制度备查。

七、整改操作指引

1. 历史期间已经实际发放工资、未申报个税：在自然人电子税务局扣缴端进行往期补全员全额扣缴申报（系统受可补报年限限制）；
2. 确实无法在系统补申报的，到办税服务厅前台办理补申报；
3. 补申报之后，准备情况说明，连同工资发放凭证、考勤、薪酬制度，提交主管税务机关，争取对应工资薪金可以税前扣除；
4. 对于无法补申报的年度，一般需要做企业所得税纳税调增处理。