合伙企业一般作为持股平台或者项目投资主体出现，出于战略布局和投资策略，有限公司会参股合伙企业成为合伙人。相对于投资其他有限公司，合伙企业的税收政策有很多不同之处，此外担任普通合伙人和有限合伙人的税会处理也不尽相同。
本文将针对公司参股合伙企业的三个阶段（取得、持有、退出），分别说明税务和会计处理，及所涉及的申报表填写。
一、初始取得
根据合伙协议约定，公司既可以担任合伙企业的普通合伙人，也可以成为有限合伙人。
普通合伙人拥有执行合伙事务的权利，可以制定经营计划、对外签订合同、管理企业财产等，是合伙企业的实际控制者，对于能够控制、共同控制或重大影响的投资应计入“长期股权投资”。
有限合伙人不执行合伙事务，只能根据合伙协议约定的份额获取收益，一般情况下无法达到对合伙企业控制、共同控制或重大影响的程度，所以参股时作为金融资产核算，计入“其他权益工具投资”。
合伙企业的出资方式可以是货币、劳务、实物、知识产权、土地使用权等其他财产权利，但有限合伙人不能以劳务出资。
1、货币出资
1）普通合伙人
普通合伙人在会计上按实际应支付的购买价款为初始投资成本，包括购买过程中支付的手续费等必要支出。税法同样以购买价款为计税基础，由于投资合伙企业通常不存在或有对价问题，所以两者一般无差异。
如果买价中包含已宣告未发放的股利，会计上作为应收款项，不计入长期股权投资成本。税法则不在买价中剔除，将其包含在计税基础中，这是与投资有限公司不同的地方，设计的目的是为了避免转让环节重复征税，具体原因会在后面的退出阶段分析。
能够对合伙企业实施共同控制或重大影响的，会计上要求按权益法核算，同时比较初始投资成本与投资时应享有被投资企业可辨认净资产的公允价值，按孰大原则作为长期股权投资的初始成本。如果可辨认净资产的公允价值大于买价，差额部分计入营业外收入。
所得税不承认此类“隐性”所得或损失，只有待实际处置所购资产（成为“显性”所得或损失）时，才予以确认，所以这部分营业外收入需要进行纳税调减。
案例1：A公司是B合伙企业的普通合伙人，支付100万取得30%的合伙份额，入股时B合伙企业净资产公允价值为400万。
A公司会计处理：
借：长期股权投资-投资成本120
贷：银行存款 100
营业外收入 20
会计按B合伙企业净资产对应份额的公允价值400×30%=120万作为初始入账成本，所得税按买价100万作为计税基础，营业外收入20万应作纳税调减。
2）有限合伙人
除非存在已宣告未发放的股息，否则税会均以买价作为初始成本。已宣告未发放的差异处理与普通合伙人相同。
2、实物、知识产权、土地使用权出资
公司以实物、知识产权、土地使用权等财产出资，构成非货币性资产交换，会计上要求判断其是否具有商业实质，以决定是用换出资产的公允价值和相关税费（有商业实质），还是以换出资产的账面价值和相关税费作为投资初始成本（无商业实质）。所得税在一般规则下，按公允价值和相关税费为计税基础。参股合伙企业较少出现不具有商业实质的交易，此时税会一般无差异，同时合伙人需要将资产联同发票一并移交合伙企业入账。
需要注意的是，公司参股合伙企业不适用财税[2014]116号的递延纳税政策，116号文件所规定的投资形式仅限于居民企业。
3、劳务出资（普通合伙人）
普通合伙人可以以劳务出资，由全体合伙人协商确定评估方法，并在合伙协议中载明。该行为不属于无偿提供劳务，而是以劳务换取合伙份额，故而公司应以协商一致的劳务金额开具增值税发票，据此作为投资资产的初始成本。
二、持有阶段
1、有限合伙人
1）价值变动
其他权益工具投资属于以公允价值计量且其变动计入综合收益的金融资产，会计上要求对这类资产在每个资产负债表日根据公允价值与账面价值的差额确认其他综合收益。
税法执行“先分后税”原则，按法人合伙人应享有当年度合伙企业应纳税所得额的份额，确认应税收入（不属于直接投资于居民企业取得股息的免税收入），而无论合伙企业当年度是否根据该份额进行了分配，所以无论会计上计算的金额是否与税法一致，两者均存在差异。
需要说明的是，如果合伙企业整体亏损，但当年度又取得对外投资分回的利息或股息、红利，无需比照个人投资者按股息、红利单独缴纳企业所得税。
案例2：B合伙企业2025年会计利润为100万（与合伙企业公允价值增值额相同），根据税法计算的应纳税所得额是150万。合伙协议约定A公司每年可按5%分配合伙利润。
A公司会计处理：
借：其他权益工具投资-公允价值变动 5
贷：其他综合收益-其他权益工具投资公允价值变动 5
若B合伙企业的公允价值不易获得，此时A公司无需做上述分录。
所得税确认应税收入=150×5%=7.5万
2）取得分红
收到合伙企业的分红时，会计计入“投资收益”，税法不确认收入，两者存在差异。
案例3：接案例2，2026年A公司取得B合伙企业分配的股息6万，当年度B合伙企业应纳税所得额为100万（与会计利润一致），A公司的分配比例为5%。
借：银行存款 6
贷：投资收益 6
借：其他权益工具投资-公允价值变动 5
贷：其他综合收益-其他权益工具投资公允价值变动 5
所得税确认应税收入=100×5%=5万
3）协议约定先收回投资
对于以项目投资为设立目的的合伙企业（如私募基金等）通常会在合伙协议约定，项目分配款项优先作为出资返还，剩余部分作为投资收益。
会计上可以遵循合伙协议冲减投资资产成本，但税法上应执行财税〔2008〕159号规定的先分后税原则，按合伙企业的应纳税所得额计算对应的应税收入，剩余部分再作为投资收回处理，无论合伙协议如何约定，都不能与税收法规相背离。
案例4： 2025年12月A公司收到B合伙企业摘要注明为返还出资的款项60万（初始投资成本为100万），合伙协议约定项目投资收入的分配顺序为先计提合伙费用、增值税及附加税，剩余的资金向合伙人分配，直至合伙人收回全部实缴出资，偿付完成后剩余的投资收益部分，全部分配给合伙人，按照合伙人到期结算日之实缴金额进行同比例分配。A公司当年度按实缴金额的比例为10%，B合伙企业根据税法计算的应税纳税得额为500万。
A公司会计处理：
借：银行存款 60
贷：其他权益工具投资-投资成本 60
所得税确认应税收入=500×10%=50万
该项资产的计税基础为=100-（60-50）=90万
2、普通合伙人
1）成本法
会计上在合伙企业宣告发放或收到分红时确认投资收益，税法根据应享有合伙企业当年度应纳税所得额的份额确认应税收入，两者在时间和金额上均存在差异。差异调整与有限合伙人取得分红时的处理一致，此处不再赘述。
2）权益法
权益法相当于有限合伙人因为合伙企业经营活动变化发生的价值变动，会计上根据形成的原因分别计入投资收益、其他综合收益和资本公积，税法待实际处理资产后确认财产转让收益或损失。
案例5：B合伙企业2025年会计利润为200万，根据税法计算的应纳税所得额是300万。合伙协议约定A公司每年可按30%分配合伙利润。
A公司会计处理：
借：长期股权投资-损益调整 60
贷：投资收益 60
所得税确认应税收入=300×30%=90万
3）取得管理报酬
执行事务的合伙人（普通合伙人）可以根据合伙协议约定的金额取得管理报酬（比如全体合伙人实缴出资额的一定比例），并与参股合伙企业的分红分开计算，按规定计算增值税。
案例6：2025年B合伙企业实缴5000万，A公司（一般纳税人、非小型微利企业）作为执行事务的普通合伙人可取得按实缴金额0.2%/年的管理报酬，当年度会计利润400万，根据税法计算的应纳税所得额为500万，A公司合伙份额为20%。
管理报酬增值税=5000×0.2%÷（1+6%）×6%=0.566万
管理报酬增值税附加=0.566×12%=0.0679万
会计确认合伙企业投资收益=400×20%=80万
税法确认合伙企业投资收益=500×20%=100万
A公司应向B合伙企业开具10万的管理发票，作为B合伙企业的合伙费用。
A公司会计处理：
借：银行存款 10
贷：主营业务收入9.434
应交税金-应交增值税（销项税额） 0.566
借：长期股权投资-损益调整 80
贷：投资收益 80
法人合伙人计算持有期间的应税股息收入，高度依赖被投资企业的税务申报表，双方应建立良好的沟通渠道对接合伙企业应纳税所得额分配明细及纳税调整信息。
三、退出阶段
1、份额转让
转让合伙企业份额属于财务转让所得，以转让收入扣除投资资产计税基础后的余额计算，但不得扣除合伙企业留存收益中该项股权可能分配的金额，也就是说以前年度已按合伙企业应纳税所得额的份额确认的应税收入，即使后续未进行分配，也不得从转让收入中扣除。
虽然站在转让方的角度，未作分配的留存收益已经征税，转让时不得扣除涉及重复征税，但受让方之后再取得该项分红则时无需再缴税，将转让业务作为一个整体考虑，就不存在重复征税的问题。
会计上将转让收入扣除账面投资成本后的金额确认为财产转让损益，账面投资成本中包含买价，也包含因为价值变动而调整的部分，税会在金额上存在差异。
案例6：2025年A公司支付80万参股B合伙企业，占合伙份额2%，当年度B合伙企业按税法计算的应纳税所得额为1000万，2026年3月A公司将份额作价105万转让给其他合伙人，2026年1-3月按税法计算的应纳税所得额为200万，转让前取得B公司分配的股息1万。
2025年应确认股息收入=1000×2%=20万
2026年1-3月应确认股息收入=200×2%=4万
2026年应确认财产转让收益=105-80=25万
2026年应确认营业外收入（财产转让收益）25万，调增股息所得3万（=4-3）。
2、合伙企业清算/退伙
合伙企业清算或退伙分得的财产，相当于合伙企业留存收益中法人合伙人所占合伙份额的部分，确认为股息所得，低于或超过投资成本的部分，确认为投资转让所得或损失。
所以税法在清算或退伙时除了扣除投资成本外，还允许扣除未作分配的那部分留存收益（即以前年度调增的那部分投资收益），为什么同样是退出，退伙与份额转让的政策截然不同，这是因为退伙没有受让方，如果不扣除留存收益，将导致退出动作重复征税。
会计上按转让收入减去投资资产账面成本计算转让损益，与税法在计算口径上存在差异。
案例7：案例6修改为退伙，分得财产105万。
2025年应确认股息收入=1000×2%=20万
2026年1-3月应确认股息收入=200×2%=4万
累计已征税未分配金额=20+4-1=23万
2026年应确认财产转让收益=105-80-23=2万
【涉税文件】
1、财税[2008]159号《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》
2、财税[2008]159号《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》
3、国税函[2010]79号《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》
4、财税[2009]60号《财政部 国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》
