答复：

区别一：业务性质不同

交通运输：以承运人身份与托运人签订合同，承担运输过程中的货物安全、准时送达等责任，实际参与货物运输操作。

货运代理：作为中介，接受委托人委托，以委托人名义办理货物运输、装卸、仓储等手续，不直接承担运输责任，仅收取代理服务费。

区别二：税率不同

交通运输服务：一般纳税人适用9%的增值税税率，包括陆路、水路、航空、管道运输等实际运输业务。

货运代理服务：属于现代服务业中的商务辅助服务，一般纳税人适用6%的增值税税率，主要提供货物运输相关手续办理服务。

区别三：发票开具与抵扣规则不同

交通运输：承运方向托运人开具全额运费发票，可抵扣实际承运人开具的运费发票。

货运代理：向委托人开具服务费发票，通常无进项抵扣（除非有其他类进项）。

注意一：

如果货代公司以承运人身份与托运人签订运输服务合同，收取运费并承担承运人责任，然后委托实际承运人完成运输服务，这种无运输工具承运业务应按照交通运输服务计算缴纳增值税，适用税率为9%。

另外，物流辅助服务与货物运输代理服务也是不一样的，区别在于“服务内容”——前者是“为运输环节提供辅助”（如装卸、仓储、港杂），后者是“为委托方办理运输手续”，两者虽税率相同，但发票“货物或应税劳务名称”不同。